复旦大学并行处理研究所于1992年由朱传琪教授发起建立，其主要研究方向有：并行编译系统aft、并行程序设计环境parapie、并行算法及并行分布式系统的性能评估和监测等。近年来，其主要的科研成果有：“并行化编译关键技术的研究与开发”、“大规模并行处理中关键技术—并行程序开发的研究”、“并行及分布式计算机监测系统”等，这些成果均达到了当前国际先进水平。

复旦大学软件学院密码与信息安全实验室成立于2005年，现有高级职称老师三名，研究生十余名，主要从事密码学、网络安全协议、分布式系统安全等方面的研究工作。实验室主任赵一鸣老师主持了国家标准局Internet安全技术国家标准项目——数字签名机制标准的制定。实验室老师赵运磊博士于2004年和2007年在欧洲密码会（EuroCrypt）上发表两篇论文，为大中华地区第一个在密码学顶级会议上发表零知识方面的学术论文。实验室老师韩伟力博士2008年前往美国Purdue大学计算机系进行学术访问，在安全策略重要会议POLICY发表论文一篇。实验室近年来承担了多项国家自然科学基金、国家密码基金、上海市科委重点项目、华为创新基金，在国际重要会议和期刊上发表论文30多篇，在零知识相关的密码协议理论与应用以及分布式系统安全方面取得了国际广泛关注的科研进展。
 

复旦大学软件学院宽带网络与互动多媒体实验室成立于2003年,专门致力于流媒体宽带应用领域的前沿技术研究和高科技产品研发，是复旦大学软件学院下属的重点科研性实验室。实验室以流媒体应用架构中的核心--流媒体服务器为研究重点，以研发IPTV系统为发展契机，目前已经在高性能流媒体服务器、IPTV点播和直播、流媒体服务器性能测试等方面取得较大成果：2005年获省部级科技进步奖二等奖一项，国家发明专利五项，软件著作权一项；实验室的关键技术在国际SCI期刊上发表论文5篇，在其他重要期刊和国际会议上发表论文多篇；实验室于2009年获得国家科高级项目的资助和上海市科委科技发展基金攻关项目资助。

复旦大学软件学院电子商务研究中心,拥有来自本校、海外合作伙伴以及产学研联合团队的研发力量50余人，在国际有影响的权威期刊和学术会议发表论文60余篇，影响较大的10篇。举办有影响的国际学术会议5次。承担软件工程与企业信息化特色专业建设，编著国家115规划教材、教育部、IBM精品教材5部。电子商务研究中心在电子商务、商务智能与互联网监测等应用与技术方面具有多年的研究积累，近3年承担国家、省部、企业项目10余项，获资助1000余万元，获得省部级鉴定成果4项，技术发明专利4项，产学研实践取得重要突破，每年的直接经济效益达数千万。

复旦大学软件工程实验室是教育部软件科学与技术网上合作研究中心的成员单位，现有教授2名、副教授及高级工程师各1名、讲师2名、博士生9名、硕士生30余名、本科生10余名。实验室主任赵文耘教授担任中国计算机学会软件工程专业委员会副主任及中国软件行业协会软件工程分会副理事长。 复旦大学软件工程实验室长期从事软件工程方法、理论、工具与开发环境以及软件工程技术产业化应用等方面的研究和实践工作。目前实验室已经确立了“Internet环境下的软件工程新技术”这一总体方向，研究工作主要关注于互联网时代软件开发、运行和维护的新方法和新技术。实验室研究领域包括自适应软件、软件维护与再工程、软件产品线、软件复用与构件技术、软件体系结构。近年来，实验室已经在软件复用国际会议（ICSR）、需求工程国际会议（RE）、逆向工程国际会议（WCRE）、软件工程与知识工程国际会议（SEKE）、CSMR、APSEC、COMPSAC、QSIC等国际会议以及国内计算机学报、软件学报、电子学报、计算机研究与发展等权威期刊上发表了一系列研究论文。 实验室自1989年以来一直参加国家科技攻关项目&ldqu...

复旦大学软件学院CC-CMM国际标准研究中心成立于2009年。